MetagenOutlineLDA: una nueva librería de R para la estimación de perfiles metagenómicos de muestras, análisis de biodiversidad y discriminación de grupos en metagenómica.
El uso de las técnicas moleculares aplicadas al estudio del microbioma humano ha demostrado una amplia diversidad de microorganismos. Existe un gran interés en la asociación de grupos específicos de organismos con diferentes patologías.
MetagenOutlineLDA, es una nueva librería para R que permite el análisis estadístico de matrices de resultados metagenómicos. Realiza tres tareas básicas: estimación del perfil metagenómico de abundancia para cada muestra, estimación de diferentes parámetros de biodiversidad metagenómica y realización de análisis discriminantes para distinguir entre los grupos de tratamiento y ofrecer un porcentaje de correcta clasificación.
Se presentan ejemplos de análisis utilizando MetagenOutlineLDA con personas afectadas por periodontitis y enfermedad de Crohn. Los resultados obtenidos confirman la hipótesis de que las enfermedades inflamatorias estudiadas no sólo alteran la composición del microbioma humano, sino también su estructura.
Palabras clave: Metagenómica análisis discriminante clasificación modelos lineales biodiversidad.
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