J. M. Sánchez Santos, J. De Las Rivas, F. J. Campos Laborie
Most of the methodologies to detect differences using omic-wide data in biomedical studies (i.e. SAM, LIMMA, t-test or modified t-test like COPA, OS, ORT and MOST) are based on the analyses of significant mean/median changes to calculate the differential expression. They perform correctly when biomarkers do not show heterogeneous behaviour within each group.
We are developing in R an algorithm to address this point of possible wrong class labelling and to identify specific markers for each class. We build an incidence matrix with the frequency with which the genes have differential signal expression in different subsets. Then we perform a non-symmetric correspondence analysis (NSCA) to represent the genes in the space of the samples, and a cluster analysis to find highly significant associations between genes and samples. We assign a score to each gene covering both the significance of its differential signal and the number of samples with which it is associated.
Palabras clave:
marker genes
heterogeneous data
non-symmetric correspondence analysis
clustering
Programado
X04
Pausa Café. Sesión Posters. Reunión TEST - Edificio 1
7 de septiembre de 2016 11:40
Edificio 1
B. Abdul-Jalbar Betancor, J. M. Gutiérrez Expósito, J. Sicilia Rodríguez
I. Barrio Beraza, A. Iparraguirre Letamendia, M. X. Rodríguez Álvarez, I. Arostegui Madariaga
S. Belope Nguema, L. Escot Mangas, J. A. Fernández Cornejo, M. L. Vicente Hernanz
G. Cabrera Gómez, T. Pérez Pérez
A. Shatla, C. E. Carleos Artime, N. O. Corral Blanco
B. Cobo Rodríguez, M. M. Rueda García
G. Coenders, B. Ferrer-Rosell
A. Conde Sánchez, A. J. Sáez Castillo, A. M. Martínez Rodríguez, J. Rodríguez Avi, M. J. Olmo Jiménez
M. Domènech Blàzquez, J. M. Giménez Pradales, M. A. Puente del Campo
R. Dorta Guerra, P. Foronda Rodríguez, A. Martín Alonso
I. Yustres Amores, L. Fernández Morales, J. M. González Ravé, R. Martín Martín
A. García-Camacha Gutiérrez, F. J. García Sánchez, I. García-Camacha Gutiérrez
J. C. García Díaz, A. Pulido-Rojano, V. Giner-Bosch
I. García-Garrido, J. Linares-Pérez, R. Caballero-Águila
M. J. García-Ligero Ramírez, A. Hermoso-Carazo, J. Linares-Pérez
A. V. García Luengo, I. Oña Casado
L. García Rodríguez, P. Martínez Talaván, J. Yáñez Gestoso
L. Paci, M. A. Beamonte, A. E. Gelfand, P. Gargallo Valero, M. Salvador Figueras
J. A. González, J. Mateu, B. M. Lagos-Álvarez
N. Gutierrez Aranzabal, J. Aramendi Rique, E. Goni Rementeria, A. Iztueta Azkue
J. M. Gutiérrez Expósito, M. Colebrook Santamaría, B. Abdul-Jalbar Betancor, J. Sicilia Rodríguez
A. Hermoso-Carazo, J. Linares-Pérez, R. Caballero-Águila
A. Lara Porras, M. M. Rueda García, D. Molina Muñoz
J. Linares-Pérez, A. Hermoso-Carazo, R. Caballero-Águila
M. J. Olmo Jiménez, J. Rodríguez Avi, A. Conde Sánchez, A. M. Martínez Rodríguez, A. J. Sáez Castillo
G. L. Infante González, M. M. Muñoz Conde, J. Muñoz García, R. Pino Mejías
S. Navarro Díaz, J. F. Vera Vera
J. Navarro Moreno, R. M. Fernández Alcalá, J. C. Ruiz Molina, J. D. Jiménez López, J. A. Espinosa Pulido
I. Serrano Czaia, M. Ortega Moreno, J. J. García del Hoyo
I. M. Ortiz Rodríguez, I. Martínez López, C. Rodríguez Torreblanca
A. Oya Lechuga, J. C. Ruiz Molina, J. Navarro Moreno
F. Palmí Perales, V. Gómez Rubio
C. J. Pérez Sánchez, L. Naranjo Albarrán, J. Martín Jiménez, Y. Campos Roca
H. Ramos Romero, J. Ollero Hinojosa
M. J. Rivas López, J. López Fidalgo
C. I. Rodriguez Casado, A. Monleon Getino
P. Román Román, J. J. Serrano Pérez, F. Torres Ruiz
M. Sánchez Sánchez, A. Suárez Llorens, M. Á. Sordo Díaz
M. T. Santos Martín, J. M. Rodríguez Díaz, M. J. Rivas López
J. Segura Gisbert, J. A. Alvarez-Jareño, G. Ferrer Andrés
M. J. Valderrama Bonnet, M. Escabias Machuca, Ó. González Frutos
P. Llamocca, V. Lopez, G. A. Valverde Castilla
E. Vercher González, J. D. Bermúdez Edo, A. Rubio Fornes
J. M. Vilar Fernández, P. Raña Míguez, G. Aneiros Pérez
J. A. Moler Cuiral, F. Mallor Giménez, H. Urmeneta Martín-Calero
