Optimización del proceso de llenado de placas PCR en secuenciación Sanger

L. Carpente Rodríguez, A. Cerdeira Pena, S. Lorenzo Freire, Á. Saavedra Places

En este trabajo se resuelve el problema de optimización relativo al proceso de llenado de placas PCR. El objetivo de este problema de optimización es obtener la disposición de los fragmentos obtener la distribución de los fragmentos de ADN en placas de PCR, minimizando el número de placas de PCR utilizadas y maximizando el porcentaje de llenado de estas placas. Para ello, se han de tener en cuenta una serie de restricciones impuestas por el funcionamiento de los termocicladores.

Para resolver este problema de optimización se ha hecho uso de herramientas heurísticas, en concreto, se ha utilizado el método de simulated annealing. De esta forma, se ha creado una librería software, llamada simPCR, fácilmente integrable en otras aplicaciones y que actualmente ya está siendo utilizada con éxito en entornos productivos reales de laboratorios de análisis clínicos genéticos.

Palabras clave: proceso PCR, optimización, algoritmos heurísticos, simulated annealing

L08.1 Aplicaciones de Investigación Operativa
5 de septiembre de 2016  15:40
0.02 - Aula de proyectos 1

R. Blanquero, E. Carrizosa, O. Chis, N. Esteban, M. A. Jiménez Cordero, J. F. Rodríguez, M. R. Sillero Denamiel

F. Villa, E. Vallada, L. Fanjul

A. Alján, L. Carpente, A. Cerdeira, S. Lorenzo Freire